Verbesserungsvorschlag für Chain-Jobs-Dokumentation

Nutzer-Verbesserungs-Vorschlag in Ticket:2023020141021889

Mein zweites Anliegen betrifft das Tutorial zur Job chain (https://doc.zih.tu-dresden.de/jobs_and_resources/slurm_examples/#chain-jobs).

Mit ihrem Code klappt das nicht:

JOB_CMD="$JOB_CMD
 --dependency afterany:$DEPENDENCY"

Müsste es nicht:

JOB_CMD="$JOB_CMD
 --dependency=afterany:$DEPENDENCY"

sein?

Ich schlage außerdem folgendes Beispiel vor:

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#!/bin/bash
declare -a job_names=( "some_script" "another_script" "a_third_script" "4" "5" "6" "7" "8")
dependency=""
arraylength=${#job_names[@]}

for (( i=0; i<${arraylength}; i++ ));
do
  job_nr=`expr $i + 1`
  echo "Job ${job_nr}/${arraylength}: ${job_names[$i]}"
    if [ -n "${dependency}" ] ; then
      echo "Dependency: after job ${dependency}"
      dependency="--dependency=afterany:${dependency} "
    fi
  job="sbatch ${dependency}./${job_names[$i]}.sh"
  out=`$job`
  dependency=`echo $out | awk '{print $4}'`
done

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Es ermöglicht für Einsteiger in den HPC leichter verschiedene Jobs aufzubauen - entweder durch einfaches iterieren per Variable i oder über eigene Skriptnamen.

Beste Grüße

Franz Wagner